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二代测序引物设计

jiong jiong 发表于2026-04-07 22:24:02 浏览15 评论0

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PE150双端测序:测序一次150 bp

上游测序:23(上游通用接头)+ 127

下游测序:130 + 20(下游通用接头)

重叠部分:20 - 50 bp,建议30 - 50 bp

从基因组上PCR:207 - 227 bp(不加通用接头的时候)

加上接头:250 - 270 bp

第一次跑胶大小在200 - 300 bp

第二次PCR:386 - 406 bp

第二次跑胶大小在300 -400 bp


NCBI primer-blast 范围434 bp,从sgRNA5'端往上拉207,再往下拉434 bp,prime大小在207-227之间,sgRNA得在中间位置被包含