jiong的科研记录

[20260529]科研记录

Fri, 29 May 2026 16:40:32 +0800

今日事

流式分选465-466（已完成）
每个收回约5万5的细胞，转染效率在30%左右，每管分成三份，96孔上铺两份，剩余1份铺4个10 cm皿。多余细胞煮基因组。
PCR 465、466
转化PJ391

[20260528]科研记录

Thu, 28 May 2026 14:36:32 +0800

今日事

电转PFF（已完成）
转染编号465-466
统计3rd NGS数据
设计TSS-HI和Lonza 4D电转液配制方案
设计新质粒

[20260511]科研记录

Mon, 11 May 2026 10:43:00 +0800

生工订单2120910840：

445测序正确质粒：445-1、445-4、445-5

446测序正确质粒：445-3

已申请返样

[20260413]科研记录

Mon, 13 Apr 2026 13:55:34 +0800

今日事

对不同GFP变体进行规整。发现PJ395和PJ396有问题，需要重新构建。
复苏Bama31-7 P41管，1：2复苏两孔6孔板孔。

流式相关

Fri, 10 Apr 2026 10:53:51 +0800

用PBS当回收液，PCR结果优于DMEM。
细胞裂解液，每5000个细胞加5 uL，5000个细胞以下加5 uL。
5000个细胞及以上的粗裂解产物，第一轮反应1 uL当模板即可；如果是用EB稀释了1倍，第一轮反应2 uL当模板。
500-5000个细胞需要2 uL作为第一轮反应模板；如果是用EB稀释了1倍，第一轮反应2 uL当模板。

[20260409]科研记录

Thu, 09 Apr 2026 20:24:50 +0800

今日事

过流式（PFF 0408转染），铺板
PCR pT6片段
测试流式细胞5000，10000，15000粗裂解产物一轮PCR结果
胶回收pT7、pT8和pT9片段
送库2026a2
送纳米孔流式169~183、WT101、WT103和WT104

二代测序引物设计

Tue, 07 Apr 2026 22:24:02 +0800

PE150双端测序：测序一次150 bp

上游测序：23（上游通用接头）+ 127

下游测序：130 + 20（下游通用接头）

重叠部分：20 - 50 bp，建议30 - 50 bp

从基因组上PCR：207 - 227 bp（不加通用接头的时候）

加上接头：250 - 270 bp

第一次跑胶大小在200 - 300 bp

第二次PCR：386 - 406 bp

第二次跑胶大小在300 -400 bp

NCBI primer-blast 范围434 bp，从sgRNA5'端往上拉207，再往下拉434 bp，prime大小在207-227之间，sgRNA得在中间位置被包含

脂质体转染常见用量

Tue, 07 Apr 2026 22:22:52 +0800

[20260408]科研记录

Tue, 07 Apr 2026 22:18:40 +0800

今日事

PCR 402-全。
gibson PJ402，pT3。转化涂板。
建库2026a2
电转PFF
菌P pT1和pT2，送测序

二代测序自建库

Tue, 07 Apr 2026 21:42:09 +0800

所需试剂：H9酶。

第一次PCR体系如下：

H9 mix: 10 uL

F: 0.8 uL

R: 0.8 uL

template 2 uL

ddH₂O 6.4 uL

程序：

94℃ 3min; 94℃ 25s, 65℃ 25s, 72℃ 5s/ 30 cycles; 72℃ 5min, 12℃ ∞

第二次PCR体系如下：

H9 mix: 10 uL

primer 0.9 uL

template 1 uL

ddH₂O 8.1 uL

程序：

94℃ 3min; 94℃ 25s, 55℃ 25s, 72℃ 5s/ 8 cycles；94℃ 25s, 65℃ 25s, 72℃ 5s/ 8 cycles; 72℃ 5min, 12℃ ∞

PS：

退火温度需要提前测试。建库最后一步回收时，每孔取3 uL，条带浅的适量增加。